4. Izin pendirian Gereja Pantekosta di Bantul dicabut
Bupati Bantul Suharsono mencabut izin pendirian Gereja Pantekosta di Indonesia (GPdI) Immanuel Sedayu, dengan alasan melanggar Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri tentang tata cara pemberian IMB rumah ibadah pada Juli 2019.
Dia mengatakan Gereja Pantekosta tersebut menjadi satu dengan rumah tinggal Pendeta Tigor Yunus Sitorus, sehingga tak bisa difungsikan untuk rumah ibadah. Gereja, kata Suharsono seharusnya tidak boleh sekaligus digunakan untuk tempat tinggal. Keputusan Bupati itu membuat pendeta dan setidaknya 50 jemaat gereja tersebut terpaksa menumpang beribadah di Gereja Kristen Jawa.
5. Pembakaran Musala Fatturahman di Jambidan, Bantul, Yogyakarta
Pada Maret 2018, Musala Fatturahman yang merupakan tempat ibadah milik pengurus cabang Muhammadiyah Banguntapan Selatan, terbakar. Pelaku diduga mengumpulkan alat-alat ibadah seperti sarung, sajadah, dan karpet musala di dekat mimbar imam di lantai dua musala. Pelaku kemudian membakarnya.
Mantan Ketua Umum Pengurus Pusat Muhammadiyah Ahmad Syafii Maarif mengatakan upaya pembakaran merupakan aksi teror, yang merusak demokrasi dan martabat Bangsa Indonesia. Hingga saat ini pelaku kasus ini masih belum terungkap.
6. Perusakan Kapel Santo Zakaria di Ogan Ilir
Kasus perusakan tempat ibadah juga terjadi di Desa Mekar Sari, Kabupaten Ogan Ilir, Sumatera Selatan. Pada 8 Maret 2018, Kapel Santo Zakaria dirusak oleh orang tak dikenal.
Belakangan, diketahui motif pelaku adalah murni karena kriminal. Kejadian ini merupakan buntut dari pemilihan kepala desa setempat.
7. Pembakaran Gereja di Aceh Singkil
Pada Oktober 2015, Indonesia digegerkan oleh kabar pembakaran Gereja Huria Kristen Indonesia di Desa Suka Makmur, Gunung Meriah, Aceh Singkil, Aceh. Perusakan ini dipicu oleh penolakan masyarakat yang tak puas pada pemerintah daerah. Sebab, pemerintah tak kunjung membongkar gereja yang dituding tanpa izin tersebut.
Akibat bentrok yang terjadi saat pembakaran terjadi satu orang meninggal. Hal ini kemudian diikuti dengan pembongkaran undung-undung Gereja Kristen Protestan Pak-pak Dairi (GKPPD) Desa Siompin, undung-undung Katolik Desa Mandumpang, dan Gereja Masehi Indonesia Injil Indonesia Desa Siompin.
