5. Kerusuhan Mei 1998
Kerusuhan Mei 1998 terjadi pada 13 hingga 15 Mei 1998 di Jakarta dan sejumlah kota lain akibat krisis moneter. Tragedi ini adalah peristiwa kerusuhan yang melibatkan isu SARA. Selain penjarahan besar-besaran, disebut terdapat pula tindak kejahatan seksual terhadap perempuan. Korban dari kerusuhan tersebut didominasi oleh etnis Tionghoa. Sampai saat ini, penyelesaian kasus pelanggaran HAM berat ini tidak kunjung menemui titik terang.
6. Tragedi Trisakti, Semanggi I, dan Semanggi II
Tragedi Trisakti dikenang sebagai peristiwa mematikan yang terjadi pada Mei 1998 jelang lengsernya Soeharto. Pada saat itu terjadi penembakan terhadap warga sipil, terutama mahasiswa. Tragedi ini menewaskan 4 mahasiswa.
Usai kasus Trisaksi, pada 13 November 1998, peristiwa penembakan oleh aparat kembali terjadi kepada mahasiswa yang berdemonstrasi memprotes Sidang Istimewa DPR/MPR dan menolak Dwifungsi ABRI di kawasan Semanggi. Tragedi ini dikenal dengan peristiwa Tragedi Semanggi I. Menurut data Tim Relawan untuk Kemanusiaan, jumlah korban tewas mencapai 17 orang warga sipil terdiri dari berbagai kalangan, dan ratusan korban luka tembak, dan terkena benda tumpul.
Pada 24 September 1999, rencana pemberlakuan UU Penanggulangan Keadaan Bahaya (PKB) kembali memicu demonstrasi besar dari mahasiswa karena dianggap bersifat otoriter. Penembakan terhadap mahasiswa pun kembali dilakukan dan dikenang sebagai peristiwa Semanggi II. Merujuk catatan KontraS menyebutkan 11 orang meninggal di seluruh Jakarta dan sekitar 217 orang mengalami luka.
7. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999
Peristiwa ini diawali dengan perburuan dan pembunuhan terhadap orang yang diduga melakukan santet atau praktik ilmu hitam. Hal ini dipicu oleh keresahan masyarakat terhadap isu tertentu di Banyuwangi, Jawa Timur. Sejarah kelam ini memakan korban jiwa hingga ratusan orang dan saat ini masih belum menemui titik akhir. Komnas HAM telah selesai melakukan penyelidikan terhadap kasus tersebut. Hasil penyidikan juga telah dikirim ke Kejagung dan Presiden pada 2019.
8. Peristiwa Simpang KKA Aceh 3 Mei 1999
Melansir KontraS, peristiwa Simpang KKA bermula dari kekerasan aparat TNI pada 3 Mei 1999 yang terjadi di Aceh Utara. Saat itu, tentara militer menembaki warga sipil yang berunjuk rasa lantaran ada penganiayaan terhadap warga. Peristiwa ini juga terjadi saat Aceh berstatus DOM. Tragedi ini mengakibat 23 orang meninggal dunia dan 30 orang luka-luka.
9. Peristiwa Wasior dan Wamena 2001
Peristiwa di Wasior, Manokwari, Papua, dipicu oleh terbunuhnya lima anggota Brimob dan satu orang sipil di perusahaan CV Vatika Papuana Perkasa di Desa Wondiboi, Distrik Wasior. Mengutip laman KontraS, sejumlah pasukan polisi dikerahkan untuk menangkap pelaku yang juga diduga mengambil enam pucuk senjata dari Anggota Brimob yang tewas.
Namun pengejaran pelaku oleh aparat disertai tindak kekerasan terhadap penduduk sipil yang tidak bersalah pada 13 Juni 2001 itu. Berdasarkan laporan KontraS, tercatat empat orang tewas, satu orang mengalami kekerasan seksual, lima hilang, dan 39 disiksa.
Sementara itu, kasus di Wamena terjadi pada 4 April 2003 yang bertepatan dengan Hari Raya Paskah. Pada saat itu, sekelompok massa tidak dikenal melakukan penyisiran ke 25 kampung di Wamena. Mereka mencoba membobol gudang senjata Markas Kodim 1702/Wamena. Dampak dari peristiwa itu, Komnas HAM mencatat 9 orang tewas dan 38 orang lainnya luka berat.
Tim Ad Hoc Papua Komnas HAM telah melakukan penyelidikan pro justisia terhadap dua kasus tersebut pada 17 Desember 2003 hingga 31 Juli 2004. Namun Kejagung sempat menolak hasil laporan Komnas HAM dengan alasan laporan tidak lengkap.
10. Peristiwa Jambo Keupok Aceh 2003
Mengutip KontraS, peristiwa ini berawal saat Desa Jambo Keupok diduga menjadi poros Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Dalam operasinya, anggota TNI Para Komando (PARAKO) bersama dengan Satuan Gabungan Intelijen (SGI) melakukan tindak kekerasan terhadap penduduk sipil, seperti penangkapan, penghilangan orang secara paksa, penyiksaan dan perampasan harta benda.
Puncaknya terjadi pada 17 Mei 2003 sekitar pukul 7 pagi. Ratusan pasukan militer membawa senjata laras panjang dan beberapa pucuk senapan mesin mendatangi desa Jambo Keupok. Mereka diinterogasi sembari dipukuli dan dipopor senjata. Tidak jarang warga dipaksa mengaku sebagai anggota GAM. Akibat peristiwa itu, KontraS mencatat 16 orang penduduk sipil meninggal dan 5 orang lainnya turut mengalami kekerasan oleh aparat.
Selanjutnya: Pembunuhan Aktivis HAM Munir, siapa dalangnya?