4 Maret 2006
Lion Air Penerbangan IW 8987 dari Denpasar–Surabaya yang membawa 156 orang tergelincir saat mendarat di Bandara Juanda karena cuaca buruk, semua penumpang selamat.
5 Mei 2006
Batavia Air Penerbangan 843 jurusan Jakarta–Ujung Pandang–Merauke setelah beberapa saat mengudara pilot meminta balik ke bandara, pada saat mendarat ban pecah dan pesawat tergelincir di landasan pacu Bandara Soekarno Hatta, 127 penumpang selamat, 4 orang luka-luka. (Baca:Dalam 5 Tahun, 16 Pesawat dan Heli TNI-Polri Jatuh )
1 Januari 2007
Adam Air Penerbangan KI-574 adalah sebuah penerbangan domestik terjadwal Adam Air jurusan Surabaya-Manado, yang sebelum transit di Surabaya berasal dari Jakarta, yang hilang dalam penerbangan.
Kotak hitam ditemukan di kedalaman 2000 meter pada 28 Agustus 2007. Seluruh penumpang dan awak yang berjumlah 102 hilang dan dianggap tewas. Pada 25 Maret 2008, penyebab kecelakaan seperti yang diumumkan oleh Komisi Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT) adalah cuaca buruk, kerusakan pada alat bantu navigasi Inertial Reference System (IRS), dan kegagalan kinerja pilot dalam menghadapi situasi darurat.
7 Januari 2007
Batavia Air Penerbangan 524 dengan tujuan Jakarta dan membawa 135 penumpang dan 3 bayi gagal lepas landas dari Bandara Depati Amir, Pangkalpinang karena kerusakan di roda ketika pesawat bergerak di landasan pacu. Akibatnya pesawat berjalan oleng.
