3 Juli 2004
Lion Air Penerbangan 332 di Palembang
30 November 2004
Pesawat MD-82 milik Lion Air dengan kode penerbangan JT 538 tergelincir saat melakukan pendaratan di Bandara Adisumarmo di Solo dan menewaskan 26 orang. Pesawat tersebut lepas landas dari Jakarta dengan tujuan Surabaya (transit di Solo) pada pukul 17.00 WIB sambil membawa 146 penumpang. Menurut penuturan salah seorang penumpang, cuaca pada saat keberangkatan sudah buruk karena adanya hujan besar disertai petir.
Saat pendaratan pada sekitar pukul 18.15 WIB, menurutnya, pesawat terasa seperti tidak dapat dihentikan dan akhirnya masuk ke sawah di bandara sebelum akhirnya berhenti di dekat kuburan. Pesawat tersebut patah di tengah, tepatnya di bagian tulisan ‘Lion’ pada badan pesawat. Beberapa pengurus NU, termasuk Ketua Komisi VIII DPR, KH Yunus Muhammad, juga termasuk penumpang yang meninggal.
Berdasarkan hasil investigasi Komite Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT), penyebab kecelakaan adalah karena landasan pacu yang tergenar air atau peristiwa yang dikenal sebagai hydroplanning sehingga pesawat tergelincir dan tidak dapat dikendalikan.
10 Januari 2005
Lion Air Penerbangan 789 gagal lepas landas dari Kendari, Sulawesi Tenggara.
15 Februari 2005
Lion Air Penerbangan 1641 terperosok di Bandara Selaparang, Mataram, NTB.