Belakangan, hasil audit investigatif Badan Pemeriksa Keuangan menunjukkan dana Bantuan Likuiditas sebesar Rp138,4 triliun dari total Rp144,5 triliun yang diberikan kepada 48 bank umum nasional dinyatakan merugikan negara. Sedangkan audit Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan terhadap 42 bank penerima bantuan menemukan penyimpangan sedikitnya Rp 54,5 triliun, dan sebanyak Rp 53,4 triliun merupakan penyimpangan berindikasi korupsi dan tindak pidana perbankan.
Pada 23 April 2013, KPK memulai penyelidikan tindak pidana korupsi terkait penerbitan SKL. KPK Menegaskan, kasus yang diselidiki bukan kebijakan pengucuran BLBI, melainkan pemberian SKL. Juru bicara KPK saat itu, Johan Budi S.P., sebelumnya mengatakan KPK menduga terjadi korupsi dalam penerbitan SKL. Namun Johan, yang kini menjabat pelaksana tuga Wakil Ketua KPK, enggan menyebutkan institusi mana yang diduga terlibat dalam penerbitan SKL.
Beberapa pejabat era Megawati—kini Ketua Umum PDI Perjuangan—telah dimintai keterangan terkait dengan penerbitan SKL itu. Mereka dimintai keterangan oleh para penyidik KPK sepanjang April 2013 hingga akhir Desember 204. Para mantan pejabat yang dimintai keterangan itu antara lain, eks Menteri Koordinator Perekonomian Dorodjatun Kuntjorojakti, serta eks Menteri Negara Badan Usaha Milik Negara Laksamana Sukardi. Budi Gunawan pernah menjadi ajudan semasam Megawati menjadi presiden.
Di samping nama-nama tersebut, penyidik KPK pun sudah memeriksa mantan Menteri Perindustrian dan Perdagangan Rini Soemarno (kini ia menjabat Menteri BUMN di era Presiden Joko Widodo), mantan Menteri Keuangan dan Koordinator Perekonomian era Presiden Abdurrahman Wahid (2000-2001) Rizal Ramli, Menteri Keuangan 1998-1999 Bambang Subianto, serta Menteri Koordinator Perekonomian 1999-2000 sekaligus Kepala Badan Perencanaan dan Pembangunan nasional 2001-2004 Kwik Kian Gie.
Pengusutan mega-skandal BLBI, sebelumnya sempat juga disuarakan oleh eks Katua KPK Antasari Azhar pada 2008. Antasari menjabat di kursi panas itu sejak 5 Desember 2007 hingga Mei 2009. Di pengujung Oktober 2008 ia berjanji akan mengungkap segala rahasia di balik kasus BL BI yang belum pernah terungkap ke publik. "Kami juga melihat hal-hal lain yang belum pernah terungkap," ujar Antasari dalam acara reuni Fakultas Hukum Unversitas Sriwijaya di Jakarta, Oktober 2008.
Namun, ketika itu Antasari enggan merinci pernyataannya tersebut. "Semua kami jelaskan pada waktunya nanti. Yang jelas ada," kata alumnus Universitas Sriwijaya itu. Sebelumnya, Antasari pernah mengungkapkan, KPK dalam ekpos akan membahas semua fakta proses hukum, termasuk sidang kasus BLBI. Salah satunya penyelesaian dana talangan BLBI kepada Sjamsul Nursalim yang melibatkan jaksa Urip Tri Gunawan, terpidana 20 tahun penjara dalam kasus penyuapan BLBI.
Menurut Antasari, saat iut, KPK masih menelusuri secara menyeluruh skandal yang menguras uang negara triliunan rupiah tersebut. "Kami akan melihat satu per satu kasus," ungkapnya. KPK akan mendalami skandal BLBI yang dirasakan memberatkan pemerintah. "Kami lihat pula bagaimana APBN bisa terbebani, bagaimana proses pengucurannya sehingga anggaran pemerintah menjadi berat," ungkapnya. Dari fakta yang sudah tersebar luas, hari itu juga meminta laporan kepada empat tim bentukannya.
