Keanehan mulai muncul dua pekan setelah modal dikembalikan oleh Yuliana. Meski kerja sama berakhir pada November 2007, Herviano masih menerima transfer senilai total Rp 9 miliar dalam dua tahap, yakni Rp 7,8 miliar pada 5 Desember 2007, dan kedua sebanyak Rp 1,2 miliar pada 13 Desember 2007.
Dokumen hasil pemeriksaan Bareskrim menyebutkan, kedua transaksi tersebut tercatat sebagai "pembagian keuntungan bisnis timah dari PT Sumber Jaya Indah." Kepada pemeriksanya di Tim Bareskrim, Yuliana tak menjelaskan alasan di balik setoran laba kepada Herviano meski kerja sama berakhir pada November 2007.
Yuliana hanya mengakui ada beberapa kali pengiriman setoran tunai ke rekening milik Herviano. "Dan atas permintaan Herviano, saya juga pernah mengirimkan setoran tunai ke rekening Budi Gunawan," Yuliana bersaksi, seperti yang tercantum dalam dokumen dikeluarkan pada 18 Juni 2010.
Kepada Tempo, Rabu, 4 Februari 2015, Komisaris Jenderal Purnawirawan Ito Sumardi menjelaskan, semua transaksi dalam rekening Budi sudah dilengkapi dokumen yang sah. Saat penyelidikan rekening Budi, Ito menjabat Kepala Bareskrim. Hasil penyelidikan itu pun sudah dikirimkan ke Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan. "Kalau janggal, kenapa PPATK tidak meminta kami mengusutnya lagi?" kata Ito, yang kini duta besar di Myanmar.
Ada pun Brigadir Jenderal Arief Sulistyanto mengaku tidak mengetahui rinci proses pemeriksaan saksi-saksi terkait rekening Budi Gunawan. Ketika proses penyelidikan ini berlangsung pada akhir Mei hingga Juni 2010, ia menjabat Direktur Kriminal Khusus. Direktorat inilah yang memimpin penyelidikan. "Ketika hasil pemeriksaan dikirimkan ke Kapolri, saya baru menjabat," ujar Arief, yang kini Kepala Polda Kalimantan Barat, kepada Tempo, Ahad, 8 Februari 2015.
KPK sudah mencurigai adanya transaksi tak wajar selama 2006 itu. Transaksi tersebut, menurut KPK, tidak sesuai dengan profil Budi sebagai anggota Polri. Kepemilikan rekening janggal inilah yang menjadi salah satu tudingan KPK kepada Budi sehingga ia ditetapkan sebagai tersangka pada Selasa, 13 Januari 2015. Penetapan ini hanya sehari sebelum Budi mengikuti uji kelayakan sebagai calon tunggal Kepala Polri di DPR.
Budi Gunawan berkali-kali menyangkal ada kejanggalan dalam transaksi di rekeningnya selama 2006 itu. Kepala Lembaga Pendidikan Akademi Polri itu berkukuh semua transaksi di rekeningnya adalah titipan Herviano, yang akan dipakai untuk mengembangkan bisnis perhotelan dan pertambangan timah.
Setali tiga uang dengan ayahnya, Herviano juga belum dapat dikonfirmasi terkait sejumlah transaksi dan pengucuran modal ke PT Sumber. Herviano pun sudah dua kali dipanggil KPK, namun dua kali pula dia mangkir. Bersama ayahnya dan tiga orang lainnya, Herviano sudah dicegah bepergian ke luar negeri sejak 14 Januari 2015.
Stefanus belum berhasil dikonfirmasi terkait alasan di balik berakhirnya kerja sama dengan PT Sumber dan munculnya setoran kepada Herviano pascar berakhirnya kerja sama dengan PT Sumber. Hingga Selasa, 10 Februari 2015, sejumlah panggilan yang dilayangkan ke telepon selulernya tak berbalas. Ia pun sulit ditemui di kantornya, Jalan M.H. Thamrin, Jakarta Pusat. Seorang stafnya mengatakan, Stefanus jarang berkantor.
