Menurut catatan Ikatan Keluarga Orang Hilang Indonesia (IKOHI) ada 13 orang yang hilang dan tak diketahui rimbanya hingga saat ini. Empat diantaranya adalah para aktivis Partai Rakyat Demokratik yaitu: Wiji Thukul, Bima Petrus, Herman Hendrawan, dan Suyat.
Akibat aksinya ini, Prabowo sempat diperiksa oleh tim yang dikenal dengan Dewan Kehormatan Perwira (DKP) yang beranggotakan jenderal-jenderal senior. Mereka adalah Jenderal Subagyo Hadi Siswoyo sebagai ketua dan enam anggota berpangkat letnan jenderal, yaitu Djamari Chaniago, Fachrul, Yusuf Kartanegara, Agum Gumelar, Arie J. Kumaat, dan Susilo Bambang Yudhoyono. Dewan Kehormatan Perwira akhirnya merekomendasikan pemberhentian Prabowo dari dinas militer.
Meskipun demikian, Prabowo Subianto memang belum sempat diadili secara hukum dalam kasus ini. Rekomendasi DPR pada 2009 agar pemerintah membentuk pengadilan HAM ad hoc dan mengusut kasus penculikan 13 aktivis yang masih hilang pun tak berjalan hingga saat ini. Pemerintahan Presiden Jokowi justru memilih jalur non hukum dengan membentuk Tim penyelesaian nonyudisial pelanggaran HAM berat (PPHAM) melalui Keppres No.17/2022.
