Enny mengatakan para hakim juga menilai bahwa karakteristik independensi lembaga KPK tetap dijamin dan tidak ada kaitannya dengan masa jabatan pimpinan. Terlebih, kata dia, masa jabatan sejumlah komisi atau lembaga lainnya memang tidak seragam. Dia mencontohkan Anggota Komisi Informasi yang memiliki masa jabatan 4 tahun, lalu anggota KPPU yang lima tahun dan masa jabatan anggota KPI Pusat dan Daerah yang 3 tahun.
“Menimbang bahwa ketidakseragaman mengenai masa jabatan komisi negara di Indonesia tidak dapat ditafsirkan telah menimbulkan ketidaksetaraan, ketidakadilan, ketidakpastian hukum, dan diskriminatif, serta timbulnya keraguan masyarakat atas posisi dan independensi KPK dalam struktur ketatanegaraan Indonesia, sebagaimana didalilkan oleh pemohon,” kata dia.
Meski melakukan penolakan, akan tetapi 4 Hakim MK tersebut kalah jumlah dibandingkan 5 hakim lainnya yang setuju memperpanjang masa jabatan pimpinan KPK. Dengan demikian, MK memutuskan mengubah masa jabatan pimpinan KPK dari 4 tahun menjadi 5 tahun.
Kelima hakim lainnya menilai masa jabatan 4 tahun telah mengikis independensi pimpinan KPK. Salah satu sebabnya adalah pimpinan KPK dapat dipilih dua kali oleh Presiden dan Anggota DPR dalam satu periode. Hakim MK Arief Hidayat mencontohkan untuk periode masa jabatan presiden dan DPR 2019-2024. Dalam satu periode itu, kata dia, pimpinan KPK diseleksi dan direkrut sebanyak dua kali, yakni pada Desember 2019 dan Desember 2023. “Pelaksanaan seleksi sebanyak dua kali tidak hanya berpengaruh pada independensi, tetapi juga beban psikologis, dan benturan kepentingan terhadap pimpinan KPK yang hendak mendaftarkan diri kembali pada seleksi calon pimpinan berikutnya,” kata dia.