Reformasi NU
Ketika itu banyak pihak yang melihat NU sebagai sebuah organisasi yang stagnan atau kurang berkembang. Melihat kondisi tersebut, Dewan Penasihat Agama membentuk Tim Tujuh untuk mereformasi NU dan menghidupkan kembali NU. Reformasi pada NU dilakukan juga dalam perubahan kepemimpinan. Pada 2 Mei 1982, para pejabat tinggi NU bertemu dengan Ketua NU Idham Chalid dan memintanya supaya mengundurkan diri. Pada awalnya, Isham melawan, tetapi akhirnya ia mengundurkan diri karena berbagai tekanan. Pada 6 Mei 1982, Gus Dur yang mendegar pengunduruan diri Idham menemuinya dan menyatakan bahwa pengudnuran dirinya tidak konstitusional dan ia mengimbau supaya Isham membatalkan pengunduran dirinya.
Pada 1983, Soeharto kembali terpilih menjadi presiden dan mengambil langkah menjadikan Pancasila sebagai ideologi negara. Dalam waktu yang sama, Gus Dur menjadi bagian pada suatu kelompok di NU yang bertugas untuk menyiapkan respons NU terhadap isu tersebut. Gus Dur melakukan banyak pembacaan dan berkonsultasi dengan para ulama. Pada akhirnya, Oktober 1983, Gus Dur menyimpulkan bahwa NU harus menerima Pancasila sebagai ideologi negara. Di samping itu, untuk kembali menghidupkan NU, Gus Dur mengundurkan diri dari PPP supaya NU dalam foksu dalam masalah-masalah sosial.
Reformasi yang dicangakan oleh Gus Dur dalam NU membuat namanya menjadi populer di kalangan nahdliyin. Pada Musyawarah Nasional 1984, banyak nahdliyin memasukkan nama Gus Dur sebagai ketua baru NU. Gus Dur menerima hal tersebut dengan catatan ia mendapatkan wewenang untuk memilih para pengurus yang bekerja bersamanya. Pada akhirnya, Gus Dur terpilih sebagai Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama. Namun, catatan yang diberikan Gus Dur supaya memilih sendiri para pengurusnya tidak dipenuhi.
Terpilihnya Gus Dur dipandang baik dan positif oleh rezim Orde Baru. Sikap Gus Dur yang menerima Pancasila membuatnya dikenal sebagai seorang sosok moderat yang disukai banyak pejabat pemerintah. Bahkan, pada 1985, Soeharto menjadikan Gus Dur sebagai indoktrinator Pancasila. Pada 1987, Gus Dur menunjukan dukungan terhadap Orde Baru dengan mengkritik PPP dalam Pileg 1987 dan memperkuat Partai Golkar. Ia juga menjadi anggota MPR yang mewakili Golkar. Walaupun demikian, ia juga mengkritik pemerintah dalam proyek Waduk Kedung Ombo. Kritik Gus Dur tersebut membuat hubungannya dengan pemerintah menjadi renggang.
Ketika menjabat sebagai Ketua Umum PBNU periode pertama, Gus Dur fokus untuk melakukan reformasi sistem pendidikan pesantren dan ia berhasil meningkatkan kualitas sistem pendidikan pesantren. Pada 1987, Gus Dur mendirikan kelompok belajar di Probolinggo yang bertjuan menjadi sebuah forum individu bagi anggota NU dalam mendiskusikand an menyediakan interpretasi teks-teks Muslim.
Dalam Musyawarah Nasional 1989, Gus Dur kembali terpiluh menjadi Ketua Umum PBNU. Ketika Gus Dur tepilih kembali sebagai Ketua Umum PBNU, Soeharto sedang terlibat pertempuran politik dengan ABRI. Soeharto mulai menarik simpai dari umat Muslim dengan membentuk Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI) pada Desember 1990. Organisasi ini diketuai oleh BJ Habibie dan di dalamnya terdapat Amien Rais dan Nurcholish Madjid.
Pada 1991, beberapa anggota ICMI meminta Gus Dur untuk bergabung, tetapi Gus Dur menolak karena mengira ICMI mendukung sektarianisme. Pada 1991, Gus Dur membuat tandingan ICMI dengan membentuk Forum Demokrasi. Forum Demokrasi merupakan sebuah organisasi yang terdiri atas 45 intelektual dari berbagai komunitas religius dan sosial.
Pada Maret 1992, Gus Dur memilikki rencana untuk mengadakan Musyawarah Besar dalam rangka ulang tahun NU ke-66 dan mengulang pernyataan dukungan NU terhadap Pancasila. Gus Dur merencanakan acara tersebut dihadiri oleh paling sedikit satu juta anggota NU. Namun, rezim Orde Baru menghalangi acara tersebut dan memerintahkan polisi supaya mengembalikan bus-bus yang berisi anggota NU ketika sampai di Jakarta.
Setelah kejadian tersebut, Gus Dur mengirimkan surat protes kepada Soeharto. Di masa jabatannya yang kedua, Gus Dur mulai menampakkan ide dan gagasan-gasannya yang liberal dan moderat. Ide dan gagasannya tersebut banyak membuat pendukungnya tidak setuju. Bahkan, Gus Dur menerima undangan untuk mengunjungi Israel pada Oktober 1994.
Menjelang Musyawarh Nasional 1994, Gus Dur kembali mencalonkan dirinya untuk menjadi ketua umum ketiga kalinya. Melihat hal tersebut, Soeharto tidak ingin Gus Dur kembali terpilih. Untuk menjegal Gus Dur, Soeharto melakukan berbagai cara, mulai dari melakukan intimidasi hingga usaha melakukan penyuapan terhadap nahdliyin supaya tidak memilik Gus Dur. Namun, Gus Dur tetap terpilih sebagai Ketua Umum PBNU. Dalam masa-masa ini, Gus Dur mulai menjalin komunikasi politik dengan Megawati Soekarnoputri. Gus Dur pernah memberikan nasihat kepada Megawati supaya Megawati menolak dipilih sebagai Presiden untuk Sudang Umum MPR 1998. Megawati mengabaikan nasihat tersebut dan membuatnya harus menanggung akibat kejadian Juli 1996.
Melihat kejadian Juli 1996, Gus Dur berpikir bahwa pilihan terbaiknya saat ini adalah mundur secara politik dengan mendukung pemerintah. Pada November 1996, Gus Dur bertemu dengan Soeharto dan pada Desember 1996, Gus Dur bertemu dengan Amien Rais.
Ketika Krisis Finansial Asia mulai terjadi di Indonesia, Soeharto mulai kehilangan kendali dan kepercayaan, termasuk oleh para pembantunya dalam pemerintahan. Dalam situasi krisis tersebut, Gus Dur didorong untuk melakukan reformasi dengan Megawati dan Amien Rais. Namun, ia terkena stroke pada Januari 1998, dari rumah sakit ia terus melihat situasi politik dan sosial yang kian memburuk.
Pada 19 Mei 1998, Gus Dur dan beberapa tokoh Muslim dipanggil ke kediaman Soeharto. Saat itu, Soeharto memberikan konsep Komite Reformasi yang ia usulkan dan para tokoh Muslim tersebut menilak untuk bergabung dalam Komite Reformasi. Pada akhirnya, 21 Mei 1998 Soeharto mengundurkan diri dari kursi kepresidenan dan menjadi babak baru bagi perpolitikan Indonesia.
Selanjutnya: Mendirikan PKB dan Lengser sebagai Presiden
