Ia menjelaskan, pada Selasa, 8 Juli 2014, beberapa organisasi Islam, salah satunya Korps Mubaligh Jakarta, mendatangi kantor Jakarta Post untuk menyatakan protes dan meminta penjelasan. Dalam pertemuan itu, Meidyatama meminta maaf atas kesalahan medianya sekaligus menjelaskan latar belakang pemuatan karikatur tersebut.
"Mereka bilang telah memaafkan kami, tapi ternyata malah dibawa ke perkara pidana," kata Meidyatama.
Meidyatama mengakui ia memang mempersilakan organisasi Islam tersebut untuk melanjutkan protes mereka. Namun dia tak menyangka medianya akan sampai dilaporkan ke Mabes Polri. "Saya pikir mereka ke Dewan Pers dulu, karena alurnya kan seharusnya seperti itu," katanya.
Pada Selasa, 15 Juli 2014, Korps Muballigh Jakarta dan Tim Pembela Muslim melaporkan kasus karikatur Jakarta Post ke Mabes Polri. Pasal yang digunakan adalah Pasal 156a KUHP perihal tindakan penodaan agama dengan hukuman penjara maksimal 5 tahun.