Adapun BLBI merupakan skema pinjaman yang dikucurkan Bank Indonesia bagi bank-bank bermasalah dengan likuiditas keuangan saat krisis moneter menerjang Indonesia sepanjang pada 1998. Skema pengucuran itu dilakukan berdasarkan perjanjian antara Indonesia dengan Dana Moneter Internasional (IMF) dalam mengatasi krisis. Pada Desember 1998, bank sentral menyalurkan Bantuan Likuiditas sekitar Rp 144,5 triliun kepada 48 bank.
Belakangan, hasil audit investigatif Badan Pemeriksa Keuangan menunjukkan dana sebesar Rp 138,4 triliun dari total Rp 144,5 triliun yang diberikan kepada 48 bank itu dinyatakan merugikan negara. Ada pun audit Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan terhadap 42 bank penerima bantuan menemukan penyimpangan sedikitnya Rp 54,5 triliun, dan Rp 53,4 triliun merupakan penyimpangan berindikasi korupsi dan pidana perbankan.
Pada 23 April 2013, KPK memulai penyelidikan dugaan korupsi terkait penerbitan SKL. KPK Menegaskan, kasus yang diselidiki bukan kebijakan pengucuran BLBI, melainkan pemberian SKL. Juru bicara KPK saat itu, Johan Budi,SP., mengatakan KPK menduga terjadi korupsi dalam penerbitan SKL. Namun Johan, yang kini pelaksana tugas Wakil Ketua KPK, enggan menyebutkan institusi mana yang diduga terlibat dalam penerbitan SKL.
Akhir Desember 2014, hampir dua bulan sebelum Samad ditetapkan jadi tersangka, KPK berniat menjerat penyelenggara negara yang berkongkalikong dengan penerima dana BLBI terkait pemberian SKL. "Pasti ke penyelenggaranya dulu, lalu kemudian bisa menggantungkan pihak-pihak terkait. Sehingga pihak swasta tetap bisa diambil (ditersangkakan)," kata Samad di kantornya, Selasa, 29 Desember 2014.
Dalam waktu yang hampir bersamaan, Wakil Ketua KPK Zulkarnain mengatakan perjalanan pengusutan BLBI memang lama. Dia ingin lembaganya tak salah dalam menetapkan tersangka. Zulkarnain mengatakan bisa saja obligor disertai menggunakan Pasal 55 Kitab Undang-undang Hukum Pidana. Artinya, tindak pidana dalam perkara dugaan korupsi BLBI dilakukan secara bersama-sama oleh penyelenggara negara dengan obligor.
Zulkarnain memisalkan, ada tindak pidana yang dilakukan penyelenggara negara tapi berkorelasi dengan swasta. Zulkarnain mengatakan kasus BLBI harus dilihat secara keseluruhan. "Jangan sepotong-sepotong melihat permasalahan ini," ujar dia. Seorang pejabat KPK ketika itu menyebutkan, pintu masuk pengusutan BLBI yang dilakukan KPK saat ini berbeda dengan Kejaksaan sebelumnya, dugaan kongkalikong antara penerbit SKL dengan Sjamsul Nursalim.
Beberapa pejabat era Megawati, yang kini Ketua Umum PDI Perjuangan, telah dimintai keterangan terkait dengan penerbitan SKL itu. Mereka dimintai keterangan oleh para penyidik KPK sepanjang April 2013 hingga akhir Desember 2014. Para mantan pejabat yang dimintai keterangan itu antara lain, eks Menteri Koordinator Perekonomian Dorodjatun Kuntjorojakti, serta eks Menteri Negara Badan Usaha Milik Negara Laksamana Sukardi.
SKL itu diterbitkan oleh BPPN berdasarkan Instruksi Presiden Nomor 8 Tahun 2002. Saat itu, Presiden yang menjabat adalah Megawati. SKL berisi pemberian jaminan kepastian hukum kepada debitor, yang dikenal dengan inpres tentang release and discharge (R&D). Surat tersebut memberi jaminan pembebasan dari segala tuntutan hukum kepada para konglomerat yang dianggap telah melunasi utangnya.
