Melalui nota keberatannya, pihak Ba'asyir pun membeberkan beberapa bukti keterlibatan asing dalam rekayasa ini.
Pertama, Ba'asyir dituding akan melakukan makar dan merencanakan pemboman Padi's Cafe di Bali dengan berdasarkan pengakuan Umar Al Faruq. Kesaksian Umar Al Faruq yang ditahan oleh Amerika ini menurut TPM, sebenarnya hanya berisi "Yes" dan "No". Al Faruq sendiri tak pernah dihadirkan dalam sidang karena ditahan Amerika. Namun Ba'asyir kemudian bebas dari dakwaan ini.
Kedua, Menteri Keamanan Dalam Negeri Amerika Serikat, Tom Ridge, pernah meminta Presiden Megawati Soekarnoputri untuk menjerat kembali Ba'asyir. Permintaan ini disampaikan Tom Ridge ketika berkunjung ke Istana Merdeka. Dihadapan Megawati, Kapolri Da'i Bachtiar dan Menkpolkam saat itu, Susilo Bambang Yudhoyono, Tom Ridge berkata, "Abu Bakar harus disidangkan kembali dengan dakwaan lain," ujar Assegaf.
Ketiga, Mantan Ketua Umum Muhammadiyah Syafii Maarif, bersaksi bahwa dirinya sempat didatangi Duta Besar Amerika Ralph L Boyce. Saat itu Boyce meminta kepada Maarif untuk bertemu dengan Mahkamah Agung dan Kapolri agar tak membebaskan Ba'asyir. Amerika pun berjanji akan membantu dengan segala upaya yang mereka punya.
Upaya Boyce dan Ridge ini menurut TPM cukup ampuh. Buktinya, saat akan keluar dari penjara Salemba April 2004, Ba'asyir kembali diciduk polisi. Ia kembali didakwa dengan tuduhan terorisme. Ia dijerat karena dituduh mengotaki pemboman hotel JW Marriot. Di tingkat Peninjauan Kembali, Mahkamah Agung kembali membebaskan Ba'asyir.
Keempat, Mengenai Bom Bali, menurut TPM, hal tersebut jelas sebagai rekayasa Amerika. Ia mengutip pernyataan mantan Kepala Badan Koordinasi Intelijen Negara, ZA Maulani. Maulani mengatakan, ledakan bom di Bali termasuk dalam kategori Bom dengan ledakan "high explosive". Bom ini diduga mengandung bahan peledak RDX atau C4 dan dapat dikategorikan sebagai bom "micro nuclear". Maulani mengatakan bahwa bom jenis ini merupakan bom pabrikan yang pabriknya hanya berada di Israel dan Amerika.
Bukti keterlibatan pihak asing, menurut Assegaf, semakin kuat dengan pemaparan tentang adanya operasi intelejen asing di Indonesia. Pemaparan ini, lanjutnya terdapat dalam buku berjudul "Dasar-Dasar Intelijen," karangan ZA Maulani yang diterbitkan pada 2006. Dalam buku itu disebutkan bahwa tujuan operasi intelijen itu adalah untuk mendeskreditkan Islam.
FEBRIYAN