Andrinof juga menilai, kapal-kapal yang digunakan untuk menyeberang dari Jawa ke Sumatera dan sebaliknya harus direvitalisasi. Selama ini, menurut dia, aktivitas penyeberangan sering terhambat karena kualitas kapal yang sangat tidak memadai.
Selain itu, Andrinof menuturkan, pembangunan JSS justru dikhawatirkan akan menambah sentralisasi ekonomi di Jawa dan Sumatera. Sehingga, kata Andrinof, JSS dapat menambah tingkat ketimpangan ekonomi antara Jawa, Sumatrera, dengan daerah-daerah di Indonsia Timur. (Baca: Jembatan Selat Sudan Dinilai Kerdilkan Indonesia)
"Kami juga harus menghilangkan paradoks dalam merencanakan proyek-proyek pembangunan. Katanya mau pemerataan, tapi malah bikin megaproyek yang mensentralisasikan ekonomi." Andrinof mengatakan, setelah pembangunan di Kawasan Indonesia Timur terealisasi, seperti Jembatan Soekarno di Sulawesi, dan kawasan industri di Kalimantan, rencana pembangunan JSS baru dapat dijajaki kembali. "Kira-kira sekitar 10-15 tahun dari sekarang, baru dijajaki lagi," ujarnya.