5. Peristiwa penghilangan orang secara paksa 1997-1998
Komas HAM mencatat 14 orang yang telah menjadi korban penghilangan orang secara paksa yang sampai dengan sekarang belum dapat diketahui nasibnya. Mereka adalah Yani Afrie, Sony, Herman Hendrawan, Dedi Hamdun, Noval Alkatiri, Ismail, Suyat, Petrus Bima Anugerah, Wiji Thukul, Ucok Munandar Siahaan, Hendra Hambali, Yadin Muhidin, dan Abdun Naser.
6. Peristiwa Kerusuhan Mei 1998
Kejadian ini menelan korban 1.190 jiwa sepanjang 13-15 Mei 1998. Korban-korban tersebut termasuk 85 perempuan-khususnya etnis Tionghoa menjadi korban perkosaan secara berkelompok, dan ratusan gedung-gedung dirusak dan dibakar.
Kasus ini terjadi di 88 lokasi di Jakarta, Bekasi, Tangerang, serta beberapa tempat di Bandung, Solo, Klaten, Boyolali, Surabaya, Medan, Deli, Simalungun, Palembang, Padang.
7. Peristiwa Trisakti dan Semanggi I-II 1998-1999
Pada 12 Mei 1998, aparat melakukan penembakan terhadap empat orang mahasiswa Universitas Trisakti, yaitu Elang Mulia Lesmana, Hafidin Royan, Heri Hartanto, dan Hendriawan Sie. Sementara itu, korban luka mencapai 681 orang dari berbagai perguruan tinggi di Indonesia.
Selanjutnya, sepanjang 8–14 November 1998, aparat kembali melakukan kekerasan kepada mahasiswa. Saat itu, para mahasiswa menolak Sidang Istimewa MPR karena dinilai inkonstitusional. Aparat lewat penembakan dengan peluru tajam yang mengakibatkan 18 orang mahasiswa meninggal.
8. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999
Peristiwa ini merupakan pembunuhan terhadap ratusan orang yang dianggap berprofesi menjadi dukun santet di Banyuwangi. Peristiwa ini berlangsung pada Februari-September 1998.
9. Peristiwa Simpang KKA, Aceh 1999
Pada 3 Mei 1999, terjadi sebuah konflik di Aceh yang disebut nama Tragedi Simpang KKA (Simpang Kraft) atau yang juga dikenal dengan nama Insiden Dewantara atau Tragedi Krueng Geukueh. Tragedi Simpang KKA yang terjadi di Kecamatan Dewantara, Aceh, tersebut bermula dari kekerasan yang dilakukan oleh aparat TNI.
10. Peristiwa Wasior, Papua 2001-2002
Pada 13 Juni 2001, terduga aparat Korps Brigade Mobil melakukan penyerbuan kepada warga sipil di Desa Wondiboi, Wasior, Manokwari, Papua. Penyerbuan ini dipicu dari terbunuhnya lima anggota Brimob dan satu warga sipil di markas perusahaan PT Vatika Papuana Perkasa oleh terduga Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat-Organisasi Papua Merdeka.
11. Peristiwa Wamena, Papua 2003
Tragedi ini telah mengakibatkan jatuhnya korban jiwa sebanyak 33 orang, korban luka 53 orang, bangunan milik masyarakat yang rusak dan terbakarnya sebanyak 530 unit, rusaknya 238 unit kendaraan dan 17 unit gedung milik pemerintah.
12 Peristiwa Jambo Keupok, Aceh 2003
Peristiwa ini berawal saat Desa Jambo Keupok yang diduga menjadi basis Gerakan Aceh Merdeka. Dalam operasinya, anggota TNI Para Komando bersama dengan Satuan Gabungan Intelijen melakukan tindak kekerasan terhadap penduduk sipil seperti penangkapan, penghilangan orang secara paksa, penyiksaan, dan perampasan harta benda.
Puncaknya, ratusan pasukan militer membawa senjata laras panjang dan beberapa pucuk senapan mesin mendatangi Desa Jambo Keupok pada 17 Mei 2003. Tak kurang dari 16 orang penduduk sipil meninggal setelah disiksa, ditembak, bahkan dibakar hidup-hidup, serta lima orang lainnya turut mengalami kekerasan oleh aparat.
Baca juga: Inilah 12 Pelanggaran HAM Berat yang Diakui Presiden Jokowi