Sementara itu untuk dampak negatifnya, MUI melihat daerah akan resisten karena kewenangan mengatur menjadi harus berdasarkan delegasi Peraturan Pemerintah (PP) dan Peraturan Presiden (Perpres). MUI melihat hal ini akan menghambat fleksibilitas daerah.
Selain itu, akan ada potensi penurunan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) dikarenakan pemangkasan kewenangan Pemerintah Daerah. MUI juga melihat beban yang berlebihan pada Peraturan Pemerintah (PP) dalam mengatur teknis operasional RUU Cipta Kerja.
Kemudian, terdapat beberapa norma yang berpotensi diuji di Mahkamah Konstitusi (MK) karena perubahan paradigma yang bertentangan dengan konstitusi. Selain itu, tidak semua tindakan pemerintahan yang tidak berkaitan dengan perizinan harus menjadi kewenangan Pemerintah Pusat, melainkan tetap saja menjadi kewenangan Menteri, mengingat jabatan Menteri adalah Pejabat Eksekutif tertinggi dibidangnya.
Untuk itu, Dewan Pengurus MUI Pusat berpandangan bahwa RUU Cipta Kerja harus benar-benar diarahkan untuk mewujudkan masyarakat yang sejahtera, adil dan makmur lahir dan batin.
