Selanjutnya KPK menetapkan eks Dirjen Dukcapil Kemendagri Irman sebagai tersangka kedua kasus e-KTP pada September 2016. Irman ditahan pada Desember 2016.
Pascapenangkapan kedua, beberapa pihak beramai-ramai mengembalikan duit haram proyek e-KTP. Pada Februari 2017, KPK menerima pengembalian uang senilai Rp 250 miliar dari berbagai pihak, yaitu 5 korporasi, 1 konsorsium, dan 14 orang.
Pada Maret 2017, Sugiharto dan Irman menjalani sidang perdana. Dari beberapa persidangan, terbongkar nama pengusaha Andi Agustinus alias Andi Narogong mendominasi dakwaan jaksa sebagai pengendali bagi-bagi duit dalam kasus e-KTP. Sejak itu tampak akselerasi KPK menggenjot pengusutan kasus ini.
Tak lama, Andi kemudian menyusul Irman dan Sugiharto menjadi tersangka. Nama Andi juga saat dikaitkan kuat dengan Ketua DPR Setya Novanto yang juga muncul dalam dakwaan.
KPK menduga Andi memiliki peran aktif dalam proses penganggaran dan pelaksanaan pengadaan barang dan jasa dalam proyek KTP elektronik. Peranannya, yaitu dalam proses penganggaran yang bersangkutan melakukan pertemuan dengan Irman dan Sugiharto, serta sejumlah anggota DPR RI dan pejabat Kementerian Dalam Negeri terkait proses penganggaran proyek e-KTP.
Untuk mengulik sisi lain, KPK mulai menunjukkan sinyal penetapan tersangka dari klaster penganggaran yaitu DPR. Saat itu, KPK mulai memanggil kembali 20 nama saksi anggota DPR aktif dan nonaktif. Salah satunya eks Ketua Umum DPR Setya Novanto.
Juli 2017, Setya Novanto resmi ditetapkan KPK sebagai tersangka keempat. "KPK menetapkan Saudara SN, anggota DPR periode 2009-2014, sebagai tersangka terbaru kasus e-KTP," kata Ketua KPK Agus Rahardjo.