Perubahan kedua terjadi pada sidang umum MPR 7-18 Agustus 2000 yang juga masih diketuai Amien Rais. Di masa sidang ini perubahan yang paling kentara adalah soal desentralisasi pemerintahan. Pasal 18 UUD 1945 dalam amandemen kedua ini lebih mengakomodir bagaimana provinsi, kota, dan kabupaten bisa mengatur pemerintahan mereka sendiri. Mereka memiliki otonomi yang luas.
Selain itu, dalam Pasal 18 amandemen kedua juga menyebutkan Pemerintahan daerah provinsi, daerah kabupaten, dan kota memiliki Dewan Perwakilan Rakyat Daerah yang anggota-anggotanya dipilih melalui pemilihan umum. Beleid ini juga mengatur tentang pemilihan Gubernur, Wali Kota, dan Bupati secara demokratis. Kemudian, Pasal 19 dalam perubahan UUD 1945 kedua juga mengatur soal pemilihan umum untuk DPR.
Kemudian, UUD 1945 mengalami perubahan ketiga dalam sidang umum MPR pada 1-9 November 2001. Amien Rais juga masih menjadi Ketua MPR di periode ini.
Banyak perubahan penting dalam amandemen ketiga. Seperti, menghilangkan Garis-garis Besar Haluan Negara. Kemudian, perubahan ketiga ini mulai membuka pintu bagi Pemilihan Presiden atau Pilpres secara demokratis. Selama ini, Presiden dipilih oleh MPR. Dalam perubahan ketiga ini, konstitusi mulai mengakui Pemilihan Umum yang terbuka.
Dalam amandemen ini bahkan dijelaskan garis besar bagaimana pemilihan presiden. Misalnya, Presiden dan Wakil Presiden dipilih dalam satu pasangan secara langsung oleh rakyat. Kemudian, Pasangan calon Presiden dan Wakil Presiden diusulkan oleh partai politik atau gabungan partai politik peserta pemilihan umum sebelum pelaksanaan pemilihan umum. Nah, perubahan ini lah yang mengamanatkan dibuatnya Undang-undang tentang Pemilu.
Terakhir, amandemen UUD 1945 keempat yang terjadi pada masa sidang 1-11 Agustus 2002. Perubahan terakhir ini hanya menyempurnakan beberapa pasal saja. Misalnya, anggota MPR terdiri dari DPR dan DPD.
