Pada awal 2004, desakan agar SKB tempat ibadah ini direvisi menguat salah satu penyebabnya adalah penutupan sejumlah geraja yang ada di Jawa Barat. Sejumlah massa dari kelompok Islam tertentu menutup gereja karena dianggap melanggar SKB. Isu ini menegaskan bahwa SKB yang ada sudah tidak relevan lagi dengan kondisi yang ada.
Simak juga: Ketua Umum PSI Grace Natalie Sebut Ada Kaum Nasionalis Gadungan
Ada beberapa kritik terkait SKB Tempat Ibadah 1969. Beberapa kritik itu di antaranya, tidak ada kejelasan siapa dengan yang dimaksud dengan Pemerintah Daerah. Apakah itu merujuk pada pemerintah di tingkat provinsi atau kota-kabupaten. Kemudian, tidak ada kejelasan siapa yang dimaksud organisasi keagamanan atau rohaniawan setempat. Poin lain adalah adanya kata-kata planologi dan keadaan setempat.
Pada awal Maret 2006, Menteri Dalam Negeri M. Ma`ruf dan Menteri Agama Muhammad Maftuh Basyuni meneken Peraturan Bersama Menteri Agama Nomor 9 Tahun 2006 dan Menteri Dalam Negeri Nomor 8 Tahun 2006 tentang Pedoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah Dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pemberdayaan Forum Kerukunan Umat Beragama, dan Pendirian Rumah Ibadat.
Surat Keputusan Bersama dua menteri ini mengatur tugas kepala daerah terkait pemeliharaan kerukunan umat beragama, pembentukan Forum Kerukunan Umat Beragama, pendirian rumah ibadah, dan izin sementara pemanfaatan bangunan gedung. Aturan ini merevisi SKB 1969.
Beberapa beleid dalam aturan ini yang mengatur pendirian tempat ibadah adalah pasal 14 SKB tersebut. Inti pasal ini adalah butuh paling sedikit 90 daftar nama pengguna yang disahkan pejabat setempat dan didukung sedikitnya 60 masyarakat setempat yang disahkan lurah atau kepala desa. Diwajibkan pula rekomendasi tertulis Kepala Kantor Departemen Agama dan Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB) setempat.
Baca: Tolak Perda Syariah, Grace Natalie: Saya Tak Anti-agama
Grace Natalie melihat aturan ini tak relevan dalam kebebasan beragama. Sebab, menurut dia, SKB tempat ibadah ini sama saja membatasi seseorang dalam beribadah. "Serta menimbulkan diskriminasi," kata dia.
Tonton: Soal Tempat Ibadah, Grace Natalie Usul Cabut SKB 3 Menteri
