7. Peristiwa Wasior dan Wamena,
Dalam peristiwa Wasior, anggota Brimob Polda Papua diduga melakukan penyerbuan kepada warga di Desa Wonoboi, Wasior, Manokwari, Papua pada 13 Juni 2001. Penyerbuan dipicu oleh dibunuhnnya lima anggota Brimob dan satu sipil pegawai PT Vatika Papuana Perkasa. Dalam peristiwa itu, 4 warga tewas, 1 orang mengalami kekerasan seksual, lima hilang dan 39 luka-luka.
Sementara peristiwa Wamena merupakan aksi penyerbuan anggota Kodim 1702/Wamena ke 25 kampung di Wamena pada 4 April 2003. Penyisiran terhadap 25 kampung dilakukan setelah sekelompok massa tak dikenal membobol gudang senjata di Markas Kodim dan membunuh dua prajurit. Komnas HAM menyebut 9 warga tewas, dan 38 orang luka berat dalam peristiwa Wamena.
8. Peristiwa Simpang KKA 3 Mei 1999 di Aceh
Tragedi Simpang Kertas Kraft Aceh adalah peristiwa yang terjadi saat konflik Aceh 3 Mei 1999 di Kecamatan Dewantara, Aceh. Saat itu, pasukan militer Indonesia menembaki kerumunan warga yang berunjuk rasa memprotes insiden penganiayaan warga di Cot Murong, Lhokseumawe. Diduga 46 orang tewas dalam peristiwa itu.
Baca juga: Komnas HAM Diminta Ambil Posisi Tegas di Pilpres 2019
9. Peristiwa Rumah Geudong dan Pos Sattis lainnya di Aceh
Pelanggaran HAM yang terakhir adalah Peristwa Rumah Geudong dan Pos Sattis terjadi di masa Aceh dalam status Daerah Operasi Militer 1989-1998. Dalam pelaksanaan DOM, Panglima TNI memutuskan melakukan operasi Jaring Merah. Pelaksanaan operasi itu dilakukan dengan membuka pos-pos Sattis di beberapa wilayah Aceh. Pos Sattis kemudian menjadi semacam kamp penahanan tawanan perang dan pusat interogasi. Salah satu yang paling besar adalah Rumah Geudong, di Pidie, Aceh. Diduga di tempat itu, pasukan TNI melakukan penyiksaan, pemerkosaan hingga pembunuhan.
