3. Peristiwa Penembakan Misterius 1982-1985
Penemuan mayat bertato yang sering diafiliasikan dengan kelompok preman menjadi hal lumrah pada 1982-1985. Mereka diduga adalah korban aksi penembakan misterius alias petrus. Petrus adalah suatu operasi rahasia dari Pemerintahan Soeharto pada tahun 1980-an untuk menanggulangi tingkat kejahatan yang tinggi pada saat itu. Komnas HAM memperkirakan 10 ribu orang menjadi korban operasi itu.
4. Peristiwa Trisakti, Semangi I dan Semanggi II
Perstiwa Trisakti, Semanggi I dan Semanggi II terjadi pada saat demonstrasi besar-besaran menuntut Presiden Soeharto mundur dan penghapusan dwifungsi ABRI. Peristiwa tersebut merupakan aksi kekerasan dan penembakan yang diduga dilakukan oleh aparat yang menyebabkan belasan orang tewas termasuk mahasiswa.
Insiden Trisakti terjadi pada 12 Mei 1998, di mana aparat melakukan penembakan terhadap mahasiswa yang sedang melakukan aksi menuntut Soeharto turun di depan kampus Trisakti. Empat mahasiswa Elang Mulia Lesmana, Hafidin Royan, Heri Hartanto dan Hendriawan Sie tewas dalam insiden itu. Sementara insiden Semanggi I dan II terjadi pada 13 November 1998 saat masyarakat dan mahasiswa berdemonstrasi menolak sidang istimewa MPR dan menuntut penghapusan dwifungsi ABRI. Dalam peristiwa ini, 17 orang warga sipil tewas, ratusan mengalami luka tembak dan terkena benda tumpul.
5. Kerusuhan Mei 1998
Kerusuhan Mei 1998 merujuk pada kerusuhan rasial terhadap etnis Tionghoa yang terjadi pada 13 Mei hingga 15 Mei 1998. Kerusuhan ini dipicu oleh krisis finansial di Asia dan tragedi Trisakti yang berujung pada lengsernya Soeharto. Dalam kerusuhan ini, banyak toko dan perusahaan milik etni Tionghoa dirusak massa. Keturunan Tionghoa diduga juga diperkosa lalu dibunuh dalam kerusuhan itu.
6. Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998
Peristiwa ini biasa juga disebut penculikan aktivis 1997-1998. Mereka yang menjadi korban adalah para aktivis prodemokrasi. Penculikan oleh aparat terjadi menjelang Pemilu 1997 dan sidang umum MPR 1998. Komnas HAM menyatakan dalam peristiwa ini 1 orang terbunuh, 11 orang disiksa, 12 dianiaya, 23 orang dihilangkan secara paksa dan 19 orang dirampas kemerdekaan fisiknya secara sewenang-wenang. Satu korban hilang yang hingga kini tidak diketahui kondisinya adalah penyair Wijhi Tukul.
