Setelah Masyumi bubar pada Januari 1962, rezim Soekarno menjebloskan pentolan partai tersebut termasuk Prawoto ke penjara. Mereka ditempatkan di Rumah Tahanan Militer Madiun, Jakarta, dan terakhir di Wisma Keagungan. Pada Mei 1966, rezim orde baru dibawah Soeharto membebaskan Prawoto.
Belakangan Prawoto terlibat membidani lahirnya Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia. Ketua Umum Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia Mohammad Siddik mengatakan pembentukan lembaga ini berawal dari wacana yang beredar bahwa rezim orde baru akan menghidupkan kembali partai yang dibubarkan oleh orde lama secara tidak wajar. Hingga akhirnya ada sinyal untuk tidak mentoleransi kembalinya Masyumi.
Prawoto yang pernah menjadi pengurus Universitas Islam Indonesia (UII) dan kurator Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (cikal bakal IAIN atau UIN) ini meninggal pada 24 Juli 1970.
Simak: 5 Momen Tak Terlupakan di Hidup Anwar Ibrahim
Pidato Anwar Ibrahim yang kepleset lidah menyebut Prawoto menjadi Prabowo ini terjadi saat ia memberikan sambutan dalam acara pemberian Gelar Honoris Causa oleh Universitas Negeri Padang, Sumatera Barat. Alasan Universitas Negeri Padang menganugerahi Anwar Ibrahim gelar doktor honoris causa karena dinilai berperan dalam pendidikan politik.
